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ストーリー

21世紀初頭。突如出現したゴジラが地球を蹂躙し始めた。存亡の危機に瀕した人類は、多くの人命を地球に残したまま、選ばれた人間たちを恒星間移民船・アラトラム号に乗せ、移住可能な約束の地＝“タウ星e”を目指して飛び立つ。だが、その計画は失敗。再び地球に戻ることを余儀なくされてしまう。やがて故郷の星に帰り着いたものの、長距離亜空間航行で生じた時空の歪みにより、そこは“二万年後の地球”に変貌していた。その地球でハルオ（声：宮野真守）は、人類と運命を共にする異星人エクシフ、ビルサルドと協力し、20年の時を掛けて考案した決死の“対ゴジラ戦術”を実行する。その結果、激しい攻撃を受けながらも、ゴジラを倒すことに成功。ところが、その喜びも束の間、地中深くから真のゴジラ“ゴジラ・アース”が姿を現す。それは、二万年もの間、成長を続け、体高300メートル、質量10万トンを超える姿へと進化した超巨大ゴジラだった。その圧倒的な破壊力の前に、なす術もなく敗れ、散り散りになるハルオたち。その時、ハルオを救ったのは、人類の生き残りと見られる“フツアの民”ミアナだった。この地球で初めて出会った人型の生命種族であるフツアは、本当に人類の子孫なのか？“フツアの神もゴジラに破れ、今は卵を残すのみ。挑むもの、抗うもの、すべて炎に呑まれて消える”と語る彼らに、“これは、人類の手に地球を取り戻す、最後のチャンスなんだ”と答えるハルオ。一方、ビルサルドの指揮官ガルグ（声：諏訪部順一）は、フツアが使う矢じりが、自律思考金属体“ナノメタル”製である事に気付く。それは、21世紀に彼らが富士山麓で“対ゴジラ決戦兵器”として開発しながらも、起動直前に破壊された“メカゴジラ”を構成する物質だった。そしてその事実は、開発プラントが現存することを意味していた……。