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ストーリー

西暦2220年。巨大なブラックホールが太陽系に接近、地球消滅まであと3ヶ月となり、地球から2万7000光年の彼方にあるサイラム恒星系へ大規模な移民が開始される。科学連邦宇宙局指揮の下、6億人を乗せて第1次、第2次移民船団が出発するが、突如、謎の艦隊の襲撃を受け相次いで消息を絶つ。第1次船団の責任者は古代雪（声：由愛典子）であった。宇宙科学本部長・真田志郎（青野武）は雪の夫・古代進（山寺宏一）を呼び、第3次移民船団の責任者として宇宙船艦ヤマト艦長に任命する。目的地は惑星アマールの衛星。第1次、第2次移民船団が襲撃されたポイントに到達したヤマトは、近くに存在するブラックホールのエネルギーを利用して船団規模の危険なロングワープを敢行する。だが、複数の惑星により構成された異星人連合軍が出現、群狼のごとく移民船団に襲いかかってきた。移民船団のワープを完了させるため、決死の覚悟で身を盾にするヤマト。その見事な戦いぶりに感服したゴルイ将軍（伊武雅刀）率いるエトス星艦隊は攻撃を中断、間際を抜いて、遂にヤマトのワープが完了する。第3次移民船団は惑星アマールに到着するが、そこは強力な軍事力を有するSUS国を中心とした星間国家連合艦隊を構成する1国であった。SUS国の支配を恐れる一方、自由と平和を求めるアマール星の女王イリヤ（田中敦子）はヤマトと地球人類を受け入れるか、退去を命じるか苦悩する。地球人類の命運をかけた判断を求められるまさにその時、SUSによる攻撃がアマールを襲った。飛び交うビーム、ミサイルの嵐。敵戦闘機を潜り抜け攻撃を仕掛けるコスモパルサー、重爆撃機隊。銀河を巡り史上最大の艦隊戦が繰り広げられる中、強烈な磁場による完全防御の超巨大要塞がヤマトの前に立ち塞がる。攻撃を一切受け付けない要塞から照射された巨砲により、護衛艦隊はせん滅。果たして、人類は生き延びることができるのか……。