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ストーリー

インファント島の地下、石造りの広間から伝説の力「エリアスのトライアングル」を意味する3枚のメダルを持ちだそうとした。すんでのところで、モルとロラがそれを防ぎ、「勇気」と「知恵」のメダルをベルベラが取り戻すことに成功するが、「愛」のメダルを奪ったベルベラは「空から恐怖の大魔王が降りてくる」という謎の言葉を残して去ってしまう。その頃、巨大な隕石が福井県勝山市の郊外と富士山麓の青木ヶ原に落ちていた。勝山市の隕石はキングギドラとなり、大阪や名古屋の子供たちをさらって青木ヶ原に出現したドームに向かって飛んだ。日本にやってきたモルとロラはモスラを呼びキングギドラと戦うが、かつて白亜紀の地球上から恐竜を絶滅の危機に追いやったキングギドラには歯が立たない。キングギドラはモスラを倒すと、更に東京へと飛び、次々に子供たちをさらってはドームへ閉じ込めてしまうのだった。キングギドラの不思議な力によって心を奪われてしまったロラと、触手によってドームに閉じ込められてしまったベルベラを救い出す為、モルは富士山麓の近くに住む翔太少年の力を借りて傷ついたモスラの元へ向かう。そして、白亜紀のキングギドラを倒すことで現代のキングギドラを消してしまおうと、モスラを時間の壁を越えて白亜紀へと送るのだった。しかし、モスラをタイムワープさせたモルは、パワーを使いきって死んでしまう。さて、白亜紀に飛んだモスラは、見事、キングギドラを倒すことに成功していた。果たして、モスラの活躍で現代のドームは消滅し、キングギドラも倒れた──、かに見えたが、キングギドラは再びその姿を富士山上空に現したのである。生命力の強いキングギドラは、白亜紀のモスラとの戦いの時、切れた尻尾を使って生き延びていたのだ。モスラも失った今、ベルベラとロラが戦うしかなかった。フェアリーに乗って、エリアスのトライアングルの剣でキングギドラに挑みかかるふたり。と、そこへモスラが現れた。白亜紀で力つきたモスラは、古代のモスラの幼虫の吐いた繭によって、やはり生き延びていたのだ。モスラは鎧モスラとなってキングギドラと戦い、見事勝利を収める。戦いを終えたモスラは、ロラとベルベラにエリアスの剣をモルと一緒に握るように言う。すると、死んだ筈のモルが蘇るのであった。こうして、地球には再び平和が戻り、ドームに閉じ込められていた子供たちも無事に親の元へ帰り、エリアスとモスラもインファント島に帰っていくのであった。