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ストーリー

100年前の日本。生命そのものであり、時に人間にとりつき、不可解な自然現象を引き起こす「蟲」と呼ばれる生き物がいた。蟲の命の源をさぐりながら、謎を紐解き、人々を癒す能力を持つ者は”蟲師”と呼ばれた。蟲師のギンコ（オダギリ　ジョー）は旅の途中で虹蛇を探す虹郎（大森南朋）と知り合い、淡幽（蒼井優）のいる狩房家に向かう。蟲に取り憑かれた家に生まれた淡幽は、蟲に身体を侵食されながらも、文字でその力を封じている。しかしギンコが屋敷を訪れたとき、淡幽は墨色のあざによって苦しんでいた。元蟲師で、今では淡幽の乳母のたまの証言によれば、一ヶ月前にやってきた盲目の女蟲師（江角マキコ）が語る、池の底に棲む眼のない魚・銀蠱の話が原因で淡幽の様子が急変したという。女蟲師の話によると、彼女は蟲を寄せる体質のため夫と子供を里に残して旅をしている間に、二人は蟲の棲みつく池に入り帰らぬ人となった。彼女はその池のほとりに住み、夫と子供が姿を消した池の秘密を調べていた。その池には銀蠱と呼ばれる蟲がいて、池の光を浴びると魚やヒトは姿が変わり、遂には姿を消してしまうという。ある時、女は土砂崩れで母を失った少年ヨキを介抱し、親子のように生活を共にするがやがてはヨキを里山に預け、自分も家族のもとへ行こうと考える。しかし、女が池に入った時、後を追ってきたヨキも奇妙な自然現象に巻き込まれ、以後、行方不明となってしまった。淡幽はたまの処方で息を吹き返すが、今度はギンコがトコヤミに憑かれ、意識を失う。淡幽は弱った身体でギンコに取り憑いた蟲を元の巻物に戻す作業を続ける。回復はしたものの衰弱したギンコを連れ、虹郎は身体に効くという命の源の光酒を求めて旅に出る。ギンコの体は少しずつ力を取り戻すが、やがて、ふたりは別の道を歩むことに。そしてギンコは、たまの話していた女蟲師・ぬいと出会い、自分がヨキであったことを思い出す。もはや自分が誰なのかも分からない状態になっていたぬいを、ギンコはかつての池に連れて行き、ぬいは銀蠱の光に包まれるのだった。